Actividad primaria del puerto está mermada por políticas federales.
Pescadores ribereños de Ensenada acusaron a la Administración Portuaria Integral de querer desterrarlos al endurecer las políticas para realizar la actividad primaria, mermada principalmente por las políticas federales de favorecer a inversionistas extranjeros.
Las famosas «APIS» implementadas en 16 puertos del país fueron creadas para el enriquecimiento de unos cuantos, beneficiando a empresas extranjeras y causando empobrecimiento y discriminación a los pescadores ribereños, la violación de sus derechos laborales, la desaparición de las nuevas generaciones de pescadores, atentados a los usos y costumbres, así como reducción de espacios para el desarrollo de la actividad en Ensenada, dijo Melchor Ocampo de la Unión de Pescadores de Altamar y Armadores de Baja California.
Los pescadores se quejan del poco espacio asignado para ejercer su actividad, acaparado en su mayoría por empresas privadas palomeadas por la Administración Portuaria Integral.
Alrededor de 70 embarcaciones con permisos de pesca tienen su puerto base en Ensenada, sin embargo no tienen donde atracar, teniendo que rentar espacios para arribar.
Por su parte el director de la API, Héctor Bautista Mejía se limitó a escuchar a los quejosos en un foro convocado por diputados estatales y sólo destacó que en el último año el puerto de Ensenada es el que más ha crecido a nivel nacional en cuanto al manejo de transporte de carga y arribo de cruceros, ocupando el quinto sitio a nivel nacional en importancia.
Cabe destacar que la infraestructura para la pesca ribereña no aparece en los planes futuros de la API, que se enfocará principalmente a expandir la capacidad de carga, el rompeolas y un monumento al pescador.
